黑龙江省能源环境研究院始终坚持以国家和黑龙江省战略需求为导向，近年来形成了能源化学、可再生能源和环境与污染防控三个学科领域六个重点科研方向的科学研究体系。在黑龙江省建成了首座可全年连续稳定运行的大型沼气发电工程并率先打造生物能源分布式供能模式，在催化油浆制备新材料形成技术创新，在工业固体废弃物综合利用领域形成技术储备，积极打造“清洁能源”品牌，实现技术引领，助力产业发展。

研究院是能源化学省级领军人才梯队和黑龙江省科学院生物能源利用创新团队的依托单位，设有可再生能源、能源化学、环境与污染防控三个研究中心，专业技术人员占总人数的97.3%，高级职称人员占比51.4%。

研究院建有黑龙江省燃油燃煤清洁能源重点实验室和黑龙江省科学院生物能源工程技术研究中心，拥有能源和环境领域的专业实验室16个，占地面积1.34万平方米，仪器设备共346件（套）。

建院以来，累计完成国家攻关项目4项，科技部国际科技合作项目2项，黑龙江省科技重大项目1项，黑龙江省科技攻关项目11项，省自然科学基金2项，各级科研项目120余项。获得省科技进步一等奖1项，省科技发明一等奖2项，中国石油和化学协会科技进步二等奖1项，省科技进步三等奖1项，省科学院科技进步一等奖2项，二等奖1项；获得国家专利100余项；发表科技论文200余篇。